广阔无垠，茫茫千里的内蒙古戈壁，飞沙扬砾中韩西林用精湛的中医针法救治着当地牧民。另一边，丁学坤的儿子丁远志，已经是瑞典当地颇有名气的青年医生，在完成一台手术后，接到了来自燕京第九医院的电话。与此同时，快递员给远在内蒙的韩西林带来了来自燕京第九医院的包裹，里面竟是师父丁学坤的医疗日记和遗训，这时，韩西林也接到了来自九院的电话。王恒之通知丁远之和韩西林，丁学坤在给实习医生上完课后突然自杀。得到消息后，远在异乡异国的韩西林和丁远志回到了九院。

深夜的病房里，谭母在给谭淼淼用中药擦拭身体，看着躺在病床上的女儿，谭母想到了自己一直对谭淼淼的过度控制，导致母女二人的关系破裂。次日，谭母决定终止促醒，提前手术。林雅婕稳住了谭母，召开紧急内科会议。王恒之把丁学坤的旧书拿了过来。韩西林发现旧书打包得很随便，怀疑有人动了手脚，但没有声张。会议室内，韩西林坚决不同意终止促醒，被戴繁荣和马主任极力反对，正当众人僵持不下之时，丁远志竟然同意让韩西林继续促醒。不知是谁透露了消息，媒体也开始兴风作浪，怒斥九院治疗不善。而谭母也因过度疲劳和焦虑晕倒了。

司徒院长按照之前的承诺，将丁学坤生前的抑郁症治疗记录交给了韩西林。走廊内，韩西林与丁远志偶遇，二人各怀心事。夜晚，韩西林翻看着丁学坤生前的抑郁症治疗记录，但并未从中发现任何可疑之处。另一边，王恒志欲前往司徒院长办公室，提议将韩西林留在九院，重新建立中西医结合小组，并重新改良化瘤丹，但却遭到了林雅婕劝阻，并提议让韩西林尽快离开九院。韩西林带领众医生查房，为患者们进行身体检查。韩西林尤其注意患者的微小病征表现，多次为诊治提供了新的突破口。开会时，大家讨论着小患者高远山的病情，韩西林和丁远志怀疑其脑内已经出现病变，是极罕见的神经系统遗传病，需要腰穿检查后进行下一步诊断。

上世纪三十年代的粤省花城鱼龙混杂，隶属于神秘组织“黑峰”的首席教官林昊，为脱离组织控制在一次任务中假死逃脱，以医生的身份藏匿于城郊的吴家诊所，准备开始重新生活，但种种际遇却再次将他拖入漩涡中心。行医期间，林昊与叛逆的新人女警何心欣邂逅，他的身份也引起了何心欣的怀疑。随着花城各路案件的并发，林昊与何心欣的交往逐渐密切，两人在互相试探中情感升温，而他们处理的种种案件之间的关联，都指向二十年前的一场阴谋之下的瘟疫冤案，有关林昊的身世之谜也隐藏其中，真相呼之欲出……林昊决定再次站出来，携手女友何心欣，花城商会掌门人庄羽，海归西医小少爷曾帆，冷艳卓绝的女杀手冷月寒，以及诊所护士吴若蓝一同探寻真相，但对手始终暗藏背后，势力强劲，像一个黑洞欲将他们卷入深渊 。