进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健饰）已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史饰）将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实（藤原龙也饰）当年被新政府背叛，侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。大久保死后，深感背负不可推卸责任的剑心只身上路，在途中不仅偶遇京都女忍卷町操（土屋太凤饰），还在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。与此同时，相乐左之助（青木崇高饰）、神谷薫（武井咲饰）、明神弥彦（大八木凯斗饰）、斋藤一（江口洋介饰）也相继赶往京都。阴云密布的时代，酝酿着一场席卷全国的风暴……
　　本片根据和月伸宏的经典漫画原作改编。

　　为了救神谷薰（武井咲饰），绯村剑心（佐藤健饰）纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治饰）所救。深感到自身与志志雄真实（藤原龙也饰）的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。他强迫伊藤博文（小泽征悦饰）对刽子手拔刀斋发布全国通缉令，得知消息的薰、左之助（青木崇高饰）则匆匆向东京赶去。再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首领四乃森苍紫（伊势谷友介饰）的阻击，他一路披荆斩棘，将迎来与宿命的对手志志雄最终的对决……
　　本片根据和月伸宏的同名经典漫画改编。